Die Sekundarstufe I der Gesamtschule besteht aus den Klassen 5-10. Die Schüler*innen verbleiben zunächst in allen Fächern im Klassenverband, erst in höheren Klassen erfolgt eine Aufteilung der Klassen zum Zweck der Neigungs- und Leistungsdifferenzierung. Das weiter unten aufgeführte Schema zeigt den besonderen Aufbau der Sekundarstufe I der Maria Montessori Gesamtschule im Überblick. Die Abkürzungen bedeuten:
FWA=Freie Wahl der Arbeit
WP=Wahlpflichfach (Neigungsdifferenzierung)
Die rot oder rot-hellblau markierten Fächer werden nach Leistungsniveaus differenziert: E=Englisch; M=Mathematik; D=Deutsch; Ph=Physik.
Rot-Hellblau bedeutet Verbleib im Klassenverband trotz Differenzierung, Rot bedeutet Trennung der Schüler*innen nach Grundanforderungen und erweiterten Anforderungen.